胃腸道間質瘤手術後危險係數低的可以活5年以上，胃腸道間質瘤在進行手術前需要進行術前評估，判斷病情是否危險。病情十分危險的患者不建議進行手術，這類患者的生存時間不超過一年。部分患者的病情惡化程度比較低，這類患者可以選擇手術治療，術後存活的年限與患者腫瘤切除的大小有直接關係。

部分患者是完全切除腫瘤的，這樣的患者5年生存率可以達到50%-60%，但有部分患者會有少量的腫瘤殘餘，這樣就會影響到術後的生存年限，5年生存率在35%左右。在做了手術治療後還應當對患者腫瘤的核分裂進行檢查，當核分裂超過5個的時候患者的生存率就比較低。