慢性胃腸炎包括慢性胃炎和慢性腸炎，慢性胃炎最常於慢性非萎縮性胃炎和慢性萎縮性胃炎。慢性胃炎和飲食習慣、作息及精神狀態有關，如進食不規律、吃飯過快、咀嚼不充分、進食食物偏涼、偏硬，對胃不好，時間長便會引起慢性胃炎。通常需要吃緩解症狀的藥物，如用助消化的米麴菌胰酶片、複方消化酶等。如果有腹脹、排空差症狀，還可以用促動力藥物，如嗎丁啉、莫沙必利、西沙必利等。

慢性腸炎通常和腸道菌群失調、慢性細菌或病毒感染、機體免疫狀態有關。可以用調整腸道菌群的藥物，如果有腹瀉或便秘的情況，還可以相應用止瀉藥物或通便藥物。