卵巢囊腫一般比較嚴重，如果囊腫發生扭轉或破裂屬急腹症，需儘早手術。手術分三種，一種是急診手術，一種是亞急性手術，另一種為擇期手術。急腹症需及時手術治療。

亞急性可以選擇性延後1-2天，可在術前進行調理。擇期手術可等一段時間，選擇最佳手術時機。卵巢囊腫蒂扭轉為急診手術，一旦出現卵巢囊腫蒂扭轉可危及生命。較大的卵巢囊腫需儘早診斷、手術，以免發生後期囊腫蒂扭轉。只有比較小的囊腫、生理性囊腫可以觀察並且定期複查。