在妊娠早期發現卵巢囊腫，應先做腫瘤五項的檢查，評估囊腫的良惡性。若考慮囊腫為良性，並且囊腫大於五公分，可考慮在孕14周後行囊腫剝除術，並送病理檢查，術後給予安胎治療。若卵巢囊腫在中孕期未行手術。隨著子宮增大，手術將變得很困難，應給予觀察，有腹痛症狀，考慮為卵巢囊腫發生蒂扭轉、破裂或壞死的，應及時手術治療。若為惡性腫瘤，則應及時終止妊娠，手術治療。

在分娩期，若卵巢囊腫阻擋胎先露部下降，則不能經陰道分娩，需行剖宮產術，術中可考慮行卵巢囊腫剝除術，若卵巢囊腫不影響順產，可先行陰道分娩，再治療卵巢囊腫。