卵巢囊腫出現肚子痛由以下幾種原因導致：

1、這種囊腫是由於子宮內膜異位症而導致的巧克力囊腫，子宮內膜異位症本身在臨床上就會引起下腹部疼痛，會出現肚子疼痛的症狀，建議及時給予手術進行治療。

2、囊腫相對比較大，在腹部形成了比較大的張力也會導致局部出現疼痛。

3、囊腫可能會發生惡性變，會導致出現肚子疼痛。在發現有卵巢囊腫的同時可以抽血檢查婦科腫瘤三項，主要是要排除是否有癌變的可能性，比如癌胚抗原或者癌腫抗原當中的一種出現了異常升高，臨床上就有可能是惡性變。建議女性要及時做體檢，如果發現有病理性的卵巢囊腫，建議及時做手術給予治療。