卵巢囊腫在臨床上絕大部分選擇腹腔鏡手術，因為腹腔鏡手術損傷比較小、術後恢復比較快、病人痛苦比較小，在術後當天可以離床活動，避免由於腸管粘連引起腸梗阻，需要再次手術的可能性。

但是如果是巨大卵巢囊腫，在臨床上還是建議選擇開腹手術。因為視野更清晰，暴露的更好，在臨床上造成副損傷的可能性小。對於巨大卵巢囊腫，在臨床上也需要排除惡性的可能性，所以在術中可能要做冰凍病理切片，根據結果再決定術式。