卵巢囊腫手術分為開腹手術和腹腔鏡下手術兩種方式。開腹手術的過程是，充分做好術前準備後，在手術室內，由麻醉師進行麻醉，麻醉效果出現後行手術治療。剖開卵巢皮質後，輕輕地撥除卵巢囊腫，用3-0的可吸收腸線逐層縫合、閉合瘤腔，術中未見明顯出血後行卵巢皮質內翻縫合卵巢成形術，手術中儘量多保留卵巢的皮質。

如果巧克力囊腫術中黏連緻密，可以行卵巢楔形切除術後，再行卵巢成形術，這樣既能保留卵巢的功能，又能維持女性的特徵，還能再生育的功能。腹腔鏡下手術的過程和開腹手術過程是一樣的，只是創傷微小。