胃腸鏡檢查難受與否關鍵看患者本身耐受性，以及選擇的方式方法。胃腸鏡檢查分為普通胃腸鏡檢查和無痛胃腸鏡檢查，即舒適化胃腸鏡檢查。一般胃腸鏡檢查多有些不適感，平時做胃鏡時病人會有噁心、不舒服等反應。

但無痛胃腸鏡檢查或舒適化胃腸鏡檢查，病人通常不會出現不適感，醫生、護士會在患者麻醉後進行內鏡操作、治療。檢查後當天患者不能上班，不能開車。所以胃腸鏡檢查難不難受，關鍵看患者怎麼選擇。