腸胃不好比較廣泛，主要分為功能性胃腸病和器質性胃腸病。功能性胃腸病主要是指胃腸功能出現問題，部分病人可能表現為排便不規律，大便便秘和腹瀉交替，部分病人表現為功能性腹痛、功能性消化不良。此類患者可以適當服用益生菌，較為有效。

常用益生菌可以含有活菌成分，服用時要注意不能使用溫度比較高的開水，一般用溫水服用。有些活菌生長環境比較脆弱，需要放在冰箱內保存，比如患者最近在服用抗生素消炎藥物，則不能與益生菌製劑同服，因為抗生素無論質量如何，都會將益生菌殺滅，所以不能同服；如果服用吸附類藥物，比如蒙脫石散或活性炭，亦需要與益生菌隔開服用，否則很容易吸附益生菌，然後一起排出。

部分患者存在幽門螺桿菌感染，根除不止一次但根除失敗，很容易引起諸多消化道不良症狀，建議在正規四聯療法基礎上加用益生菌。目前相關研究顯示根除幽門螺桿菌的成功率可以相應提高，但亦要選擇效果更好的耐抗生素、耐酸、耐鹼的益生菌。