如果患有卵巢巧克力囊腫的患者已經懷孕，只能定期複查、隨診觀察，但這是指卵巢巧克力囊腫比較小的情況。如果在早孕期就發現卵巢巧克力囊腫，而且小於5cm，沒有什麼症狀，可以隨診觀察，定期複查就可以。

但是如果卵巢囊腫已經大於5cm，並且有相關的症狀，比如肚子有輕微的疼痛，就不建議觀察，建議在懷孕的14-16周，在坐胎比較穩定、沒有先兆流產的跡象的情況下，做腹腔鏡下的卵巢囊腫切除術，可以有效的避免在懷孕的中後期子宮增大壓迫囊腫，導致破裂或者蒂扭轉。