卵巢巧克力囊腫治療時間需要結合卵巢巧克力囊腫的大小，是單側還是雙側，還有患者的年齡，患者是否存在生育要求等因素決定具體治療方案。

如果卵巢巧克力囊腫直徑＜4cm，患者又沒有任何症狀，也沒有生育要求，可以暫時觀察。如果卵巢巧克力囊腫直徑＞4cm，建議進行卵巢巧克力囊腫的剔除手術，但如果有生育要求，又合併不孕症的情況下，不建議進行卵巢囊腫的剔除手術，可以在進行取卵之後再考慮進行卵巢囊腫的穿刺治療。如果卵巢巧克力囊腫＞4cm，患者沒有任何生育要求，在月經乾淨之後7-8天左右的時間，進行腹腔鏡巧克力囊腫的剔除手術。

卵巢巧克力囊腫治療方案相對比較複雜，不單單是手術治療之後即可，因為複發率很高，往往是手術治療或穿刺治療之後，還需要配合藥物治療來預防復發。具體應用哪種藥物預防復發，要看患者是否存在進一步的生育要求和她的年齡。如果是接近絕經期的年齡，可能預防復發的藥物應用時間會比較短，預先應用一些孕三烯酮就可以。如果年齡還比較輕，在40歲左右，預防復發的藥物可能會建議選用GnRH-a類的藥物，建議應用3-6個月來預防巧克力囊腫的復發。