巧克力囊腫在做B超檢查的時候，B超會發現附件區有囊腫，並且在囊內可見到星點狀的回聲，這種情況B超就可以懷疑是巧克力囊腫。但是對於巧克力囊腫的診斷，在臨床上一定要結合病人的病史來綜合性的分析，最後才能做出初步診斷。

臨床上如果要確診，除非是做手術之後將囊腫送病理化驗，臨床上病理診斷才是最後的結果。巧克力囊腫在臨床上絕大部分病人都會有痛經史，並且在臨床上往往有40%-50%左右的病人會導致不孕不育，所以對於巧克力囊腫診斷在臨床上要結合病史。