巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，在臨床上絕大部分通過手術治療，術後複發率相對比較高。在巧克力囊腫術後絕大部分需用注射用醋酸曲普瑞林治療三個月或半年，主要是為了預防復發。

儘管是這樣在臨床上還是有複發性，絕大部分在停止用藥後，大約一年左右會出現復發的情況，所以建議最好定期給予複查。並且建議如果是巧克力囊腫的病人，已婚者最好在術後置左炔諾孕酮宮內節育系統，可能會避免復發的可能性。因為左炔諾孕酮宮內節育系統可以使子宮內膜出現萎縮，這樣異位症的病灶也會有萎縮的現象。