巧克力囊腫消失，在臨床上往往是不太可能的事情，因為巧克力囊腫如果臨床沒有手術治療的情況下，基本上不會消失，如果是經過檢查已經消失了，有可能原來的診斷存在問題，可能不是巧克力囊腫，而是生理性囊腫，所以在臨床上才通過B超檢查囊腫會消失。

在女性排卵之後，卵巢局部會形成黃體，由於形成黃體之後，期間會有少量的出血，壓力增大，就會出現黃體囊腫的情況。黃體囊腫常常在臨床上不會超過五公分，而且在臨床上也不會引起相應的症狀，在月經乾淨以後往往會縮小或者是消失。