腹腔鏡下的巧克力囊腫微創手術，採用全麻的方式進行麻醉，在腹部臍周處包括髂前上棘的1/3、髂前上棘的2/3進行打孔，進行打孔後，顯微的器械大概在3-4mm左右用分離鉗進入盆腔。找到卵巢囊腫的位置，進行剝除囊腫，在剝除後，囊腫創面會存在有少量的出血，可以用雙極電凝鉗進行止血，也可以通過縫合的手段進行縫合止血，就可以恢復到正常的卵巢組織。

進行剝除手術後，需要用標本袋幫助把卵巢囊腫從腹部取出，再進行病理化驗，根據化驗的結果，可以進行術後的指導用藥。