單側巧克力囊腫在臨床上也可能會自然受孕，因為一側卵巢巧克力囊腫，另一側卵巢組織正常的情況下，仍可以週期性的分泌雌激素、孕激素，仍然會排卵，所以就有自然受孕的機會。建議在臨床上最好通過B超監測排卵，在健側的卵巢有排卵的情況下選擇同房，就會提高懷孕的幾率。

另外在臨床上卵巢巧克力囊腫，是子宮內膜異位症的一種臨床表現。可能大約30%-40%左右的病人會出現不孕不育，所以如果發現有巧克力囊腫且沒有自然受孕的情況下，可考慮做手術進行治療。術後由於複發率比較高，建議可用注射用醋酸曲普瑞林治療三個月至半年左右的時間。