腸功能紊亂的病因很多，需要針對病因治療。如腹痛患者應用緩解腹痛的藥物，如解痙、調整胃腸道功能的藥物；腹瀉患者給予止瀉劑及調整腸道菌群的藥物；便秘患者給予緩瀉劑或飲食調節腸道功能，如多吃香蕉、喝蜂蜜水等。腸道功能紊亂的臨床表現表現多，治療主要以對症狀治療為主。出現腸功能紊亂，不要自行用藥，應在醫生的指導下用藥治療。