自然流產孕囊排出時間取決於患者子宮收縮強度。有的患者吃藥以後，分分鐘就可排出，有的患者需要2-3小時，甚至更長時間。自然流產也類似，如果子宮肌肉收縮較好很快就可排乾淨。如果子宮肌肉收縮不好，會持續很長時間，臨床有患者持續幾天甚至幾周。對於這類患者主要是看陰道出血的量，如果量特別多要謹慎不全流產，這時要儘快處理；如果量很少有可能已經流乾淨。所以在臨床不討論時間長短，關鍵是看出血量會不會給患者帶來更多麻煩。

時間長短除觀察出血以外，如果需要特殊處理，也要根據出血狀況判斷。如果很快就沒有出血或者量很少，可以判斷已經排乾淨，但是最終標準是要以B超作為衡量。如果排乾淨就給予支持治療，回家觀察即可。對於沒有全排乾淨者，即所謂的不全流產，為了避免後期出現嚴重狀況，可以用加強子宮收縮的藥物，比如催產素幫助儘快恢復；也可用活血化瘀藥物，比如生化湯等幫助排出。如果這些方法都不合適，可以用清宮的方法，即通過類似人工流產方法解決問題。