單純的從流產方式而言，自然流產比人工流產好。自然流產指的是沒有使用藥物，也沒有宮腔操作，胚胎自動的發生流產。這種情況下患者多不會受到藥物副作用的影響，也不會由於宮腔的操作而出現宮腔感染，子宮內膜的過度破壞，大出血或者子宮穿孔等各種併發症，所以相較於人工流產手術的宮腔操作是非常好的。但是從流產的原因來說，自然流產多代表著患者胚胎出現了異常，或者有內分泌紊亂性因素，或者有子宮內膜的因素等很多因素導致胚胎髮育不好而出現流產。但是做人工流產多提示患者的胚胎髮育是非常好的，是人為的流產。

就這兩種情況而言，自然流產的患者出現再次胚胎停止發育或者習慣性流產、繼發性不孕的幾率要比人工流產手術的患者要高。所以從這個角度來說，自然流產的患者可能是有問題的，需要進行系統的檢查。