羊水穿刺不能完全排除胎兒畸形。羊水穿刺是醫生通過超聲波的監控，用細長的穿刺針依次穿過腹壁、子宮肌層和羊膜，抽取約20毫升的羊水，主要檢查其中胎兒的染色體。

羊水穿刺檢查的主要目的是明確胎兒是否存在染色體異常。染色體異常可以導致胎兒畸形，出現大腦、神經、心臟等發育畸形。但胎兒畸形的原因不僅只有染色體方面的問題，也包括基因、母體因素、環境因素及雙親遺傳因素等，因此羊水穿刺並不能完全排除胎兒畸形。

羊水穿刺只是排除胎兒畸形的檢查方法之一，除此之外，還可做四維彩超檢查。四維彩超可觀察到胎兒在母體裡的狀態，對胎兒四肢畸形、心血管畸形等能夠做出早期診斷。

懷孕期間為預防胎兒畸形，孕婦要增加營養，建議食用富含優質蛋白、維生素、高鈣的食物，如牛奶、綠葉蔬菜、豆類食品等。除此之外，孕婦也應注意休息，不宜過度疲勞，按時產檢，發現身體不適，及時去醫院。