羊水穿刺具有一定的風險，具體如下：
　　1、羊水穿刺屬於有創檢查，是使用細針穿刺進入羊膜腔，會造成孕婦出血、出血性休克、羊水外流、流產及傷及胎兒的可能；
　　2、子宮畸形、胎盤位於前壁、腹壁太厚、羊水過少等原因，可能會導致羊水穿刺失敗；
　　3、由於羊水細胞培養系脫落細胞體外培養受羊穿時間、標本是否混血、培養基汙染等多種因素影響，羊水培養有失敗的可能，有時因為崁合體而不能診斷；
　　4、受現有醫學技術水平的限制，羊水生化檢查、細胞學和分子遺傳學分析有時難以確診，需進行進一步檢查。如羊水穿刺雖然可以排除擬診斷染色體異常的疾病，但有時難以分辨染色體的某些微小異常，也不能排除一些多基因病或其他原因導致的胎兒畸形或異常；
　　5、如術前孕婦存在隱形感染或術後衛生條件不佳，有發生宮內感染的可能；
　　6、若孕婦合併心腦血管疾病，由於疼痛、緊張等刺激，有發生心腦血管意外的可能。