習慣性流產的用藥應根據病因對症用藥。若孕婦有血栓前狀態，血液呈高凝的狀態，可在孕前或孕期加用小劑量的阿司匹林及低分子肝素治療。若孕婦有糖尿病，可在整個孕期均使用胰島素，甚至口服降糖藥治療。

若孕婦有甲狀腺功能低下，可在孕期口服優甲樂、加衡、雷替斯補充治療，如孕婦未得到很好的補充，寶寶可能先天性的甲狀腺功能低下，甚至有智力低下的危害。