試管嬰兒著床失敗的原因，首先考慮兩個大的方面，一個是胚胎的問題，一個是母體子宮的問題。

胚胎失敗的原因裡面，有 60%是胚胎本身有問題。優秀的精子和卵子才可形成健康的胚胎，精子和卵子的結合類似於宇宙大爆炸，女方的23條染色體和男方的23條染色體需進行很嚴密的配對，才能形成一個健康的胚胎，其過程目前人類無法干預。

另外一個是母體本身的因素，胚胎放入子宮內，子宮內膜就是土壤，如宮腔粘連或子宮畸形，土壤不好，則易發生著床失敗。此外，母體免疫抗體異常或內分泌異常，均可發生著床失敗。