多囊卵巢綜合徵的治療方式包括藥物治療與手術治療，其中藥物治療為主，手術治療則為輔助治療。手術治療包括腹腔鏡下雙側卵巢打孔術，其手術方式為對雙側的卵巢打孔3-6個左右，但打孔的深度與打孔數量可導致患者的卵巢功能下降及卵巢周圍組織出現粘連。

此外，手術治療還包括卵巢的楔形切除術，即將卵巢1/3的組織切除，此方法雖可明顯改善患者的症狀，但卵巢所受創傷較大，且使卵巢周圍組織發生粘連的幾率增高。因此，目前臨床上並不提倡選用手術方式治療多囊卵巢綜合徵。