兩性畸形現階段稱為性別發育異常。性別分配目前為DSD，即性別發育異常處理中最具挑戰性項目。需考慮因素包括診斷內、外生殖器情況，陰莖發育情況，有無子宮、輸卵管及性心理特徵、手術選擇，需選擇男性化手術或女性化手術、終身激素替代治療可能性及潛在生育能力、有無可能生育、性功能以及社會、家庭、文化因素等。46XX性別發育異常中，最常見先天性腎上腺皮質增生症，90%以上性別分配為女性。

性腺既有卵巢又有睪丸的性別發育異常，應基於性腺分化情況，考慮潛在生育可能、生殖管道發育情況分配性別。46XY性別發育異常，性別分配最具挑戰性。如存在完全性雄激素不敏感綜合徵，應分配為女性；部分陰莖較小或部分完全性雄激素不敏感綜合徵患兒，無論如何分配性別，均可能出現成年後滿意度較差情況。