隱匿性陰莖的病因非常多，主要是先天性因素和後天性因素。先天性因素主要是兩個方面：1、陰莖內膜發育異常，陰莖內膜有很好的伸縮性，小孩陰莖內膜增厚、增粗，可導致纖維索帶失去彈性，陰莖伸縮受限制；2、陰莖內膜附著異常，陰莖內膜附著於陰莖體前端或者陰莖頸，陰莖外觀可呈錐形，主要是由於懷孕早期保胎藥物的使用，如黃體酮、保胎中藥等。另外，接觸雌激素物質也可導致。後天性因素比較常見的是包皮環切術後瘢痕性狹窄束縛陰莖，不能向前增長。另外比較常見的原因是肥胖，肥胖兒童恥骨前脂肪特別多，陰莖隱匿於脂肪下，造成陰莖外觀短小。