膽源性胰腺炎預後良好，急性胰腺炎本身可以治癒，但部分膽源性胰腺炎患者膽繫結石沒有得到解決，可能會反覆發作急性膽源性胰腺炎。反覆發作胰腺炎可能會損傷胰腺功能，造成胰腺纖維化及萎縮，從而進展成為慢性胰腺炎。一旦進展至慢性胰腺炎則不可恢復，患者會出現消化不良的各種症狀，包括進食後上腹痛、腹瀉及體重下降等情況。因此建議膽源性胰腺炎患者在胰腺炎恢復後要針對膽結石進行治療，可以考慮行膽囊切除術等。

部分患者在膽囊切除後，膽結石沒有形成場所，沒有膽結石，膽結石嵌頓到膽總管的發生風險隨之下降。但不排除部分患者在膽囊切除後，膽管內仍然形成結石情況。需要長期口服調節膽汁分泌藥物，如熊去氧膽酸。