消化不良時可以適當喝牛奶，牛奶中含有蛋白質，易被消化、吸收，還含有豐富的微量元素，均對身體有利。消化不良時可出現腹痛、腹脹、噯氣、反酸、腹瀉等症狀，常由慢性胃炎、胃潰瘍、十二指腸潰瘍、膽囊炎、膽結石、胰腺炎、肝炎等疾病引起，此時應控制純牛奶攝入量在人體承受範圍內。

進食牛奶量大時，會加重消化功能負擔，腹瀉嚴重患者不建議喝牛奶，可給予消化酶如複方消化酶、米麴菌胰酶片等，有助於食物消化、吸收，達到緩解腹瀉目的。另外，隨著年紀增大，65歲後消化酶相對分泌不足，也易導致消化不良臨床表現。