蛋白質消化不良時的常見處理方法如下：

1、在飯後吃助消化的食物，例如可以吃山楂類食物，山楂飴或喝山楂水，都能幫助患者消化蛋白質；

2、如果通過食物療法或控制飲食，還有消化不良的情況，便可能需要藥物的幫助，可以用些幫助消化的藥，如複方消化酶或胰酶；

3、患者要尋找引起消化不良的原因，如果長期存在蛋白質的消化不良便要及時去醫院就醫。同時少吃蛋白質含量豐富的食物，例如肉類、豆類以及某些營養補充劑等。如果吃得過多超過胃腸的消化、吸收能力，便會加重胃腸的負擔導致消化不良，所以飲食要適量。