尿道下裂術後傷口感染，可出現傷口紅腫、流膿。陰莖無法完全徹底消毒，因為陰莖接近肛門、會陰部，皮膚上的細菌比較多，儘管在手術前、術中、術後會仔細消毒，但是陰莖皮膚相對還是容易感染。另外，小嬰兒因為不會訴說，大小便時容易汙染傷口，尤其是大便汙染傷口會出現傷口感染。

輕度傷口感染癒合後可出現尿瘻，嚴重則傷口會裂開。所以一旦出現感染，應及時使用抗生素控制感染。此外，部分患兒感染與手術中出血有關，如皮膚下有積血，長時間可導致感染、化膿，影響傷口癒合，即為傷口感染。