所有手術都需要切皮和刺激末梢神經，陰莖分佈的神經末梢較多，兒童越大神經系統發育越好，手術後疼痛感覺越明顯，較小兒童術後陰莖痛感可能比年齡較大的兒童少。

早期手術可以減少術後疼痛發生，但陰莖疼痛以及勃起都不利於術後恢復。持續鎮痛泵的使用以及短效止痛藥物應用，可以有效改善患兒術後疼痛狀態以及疼痛症狀，有利於切口癒合與疾病康復。