先天性腸閉鎖是一種比較嚴重的先天性消化道畸形，這種患兒出生以後，唯一的治療方式是手術治療，只有手術治療才有可能挽救患兒的生命。

手術的方式需要根據患兒閉鎖的部位、閉鎖的程度和閉鎖的類型來進行選擇。如果是隔膜型閉鎖，可以行腸壁切開膈膜切除手術。如果隔膜的位置在十二指腸乳頭附近，可以行避開隔膜的短路手術。如果閉鎖發生在結腸，許多患兒需要進行結腸造瘻手術，待患兒經過一段時間的發育以後，再行二期手術將結腸還納。如果閉鎖的部位是在空腸或迴腸，一般來講需要進行腸管的重新吻合手術。

如果出現比較嚴重的併發症，如閉鎖的腸管穿孔、瀰漫性腹膜炎等比較嚴重的情況，有時候腸管吻合術無法進行，需要進行造瘻手術。