難治性輸尿管狹窄說明病人通過很多手術方式或非手術方式以治療輸尿管狹窄，但還會出現狹窄的情況。若一定要保護患側腎功能、保護輸尿管，此病治療方式比較複雜。如果狹窄部位比較短，可以把狹窄部位切掉，做斷端吻合。如果狹窄部位比較長，可以用腹腔裡的器官代替狹窄部位或者有病變的輸尿管，比如可以用小腸代輸尿管，用另外的方式緩解腎臟壓力。

輸尿管病變部位太長時，病人不能做腸代膀胱或腸代輸尿管，或輸尿管與膀胱吻合，只能做輸尿管皮膚造瘻，這對病人是較災難性的手術。如果病人輸尿管病變部位太長，沒有辦法把它融合在一起，而且要保護單側腎功能，且腎臟可能有積水，此時病人只能做腎造瘻以解決腎臟功能損傷的表現。難治性輸尿管狹窄的治療很複雜，要結合病人的具體情況和醫生操作水平以評估和選擇治療方式。