膀胱結石使用激光碎石治療是一種較為安全的方法，但是任何手術均有潛在的風險或者併發症。要注意避免發生的併發症主要指輸尿管口損傷，因輸尿管開口於膀胱，有兩個較小的口，利用激光碎石的手術當中，由於激光具有較高能量，能夠打碎結石，同時也有可能損傷輸尿管的開口。

輸尿管開口一旦被激光燙傷或熱灼傷，可能會導致輸尿管狹窄，嚴重者在術後短期內就會出現腰痛的症狀。因此，腰痛在很大程度上，即因為術中損傷了輸尿管口，導致腎臟產生的尿液無法順利地經過輸尿管流到膀胱內，引起腎內高壓的狀態所致。