膀胱結石手術風險因人而異，膀胱結石患者伴有的合併症可增加手術的風險性。體外衝擊波碎石是風險最低的治療方法；經尿道膀胱鏡碎石可能出現尿道損傷、膀胱損傷、假尿道形成以及膀胱穿孔等併發症；治療病因過程中，也可能出現併發症，由尿道狹窄引起的膀胱結石，可能出現尿外滲、反覆狹窄；由前列腺增生引起的膀胱結石，術後可出現血尿、尿失禁或直腸損傷；由神經源性膀胱引起的膀胱結石，可能出現泌尿系的梗阻、滲漏以及狹窄。