臨床上的五聯疫苗和五價輪狀疫苗，是兩種完全不同的疫苗，具體的區別體現在預防疾病種類、接種時間等方面。五聯疫苗和五價輪狀疫苗，都屬於國家二類疫苗，因此對於有接種計劃的嬰幼兒，家長可根據個人情況選擇合適的疫苗接種。

1、預防疾病種類：五聯疫苗是一種混合疫苗，是脊髓灰質炎滅活疫苗、無細胞百白破疫苗，以及B型流感嗜血桿菌疫苗的聯合疫苗，可以同時預防百日咳、白喉、破傷風、脊髓灰質炎，以及B型流感嗜血桿菌這五種疾病，稱為五聯疫苗。而五價輪狀疫苗，是包含五種牛輪狀病毒重配株(G1、G2、G3、G4、G9)的疫苗，只是針對預防輪狀病毒的感染；

2、接種時間：五聯疫苗一般是在出生後的3個月、4個月、5個月完成基礎免疫的三針。在嬰幼兒1歲半時，再進行加強針的接種，所以五聯疫苗一共是四針。五價輪狀疫苗一般第1劑是在6周齡，第二劑是10周齡，第三劑是14周齡，一共需要注射3次；

3、接種方式：五聯疫苗是通過肌肉注射進行接種，而五價輪狀疫苗是口服制劑；

4、其他：五聯疫苗保護率接近100%，五價輪狀疫苗對五種病毒的保護率約為95%。五聯疫苗適用於2個月以上的嬰幼兒，而五價輪狀疫苗適用於6-32周齡嬰幼兒。