輸尿管腫瘤的治療方法要根據患者腫瘤大小、位置等狀況進行確定，一般最佳方法是進行手術，手術方法裡最徹底的是進行同側腎、輸尿管和輸尿管進入膀胱部分徹底切除，根據病人具體情況進行決定。

如果病人腎功能不好或者只有一側腎臟，腫瘤又比較小，可以做姑息性腫瘤切除，做輸尿管斷端吻合，既保存腎臟功能，還切除腫瘤，同時還可以繼續治療。在輸尿管腫瘤治療以後，還要防止腫瘤在向下種植的過程中引起膀胱腫瘤，所以定期進行膀胱灌注，同時檢查手術局部和膀胱鏡。輸尿管腫瘤預後比較好，經過積極治療一般情況都比較好。