男性患兒陰莖短小應根據病因治療，具體如下：

1、自身發育致使陰莖過小：即陰莖海綿體發育較差，需檢查垂體、腎上腺與睪丸、性腺軸有無異常，激素分泌是否正常，需檢查染色體、SRY基因。甚至可能還會進行HCG激發試驗瞭解睪丸狀態，且小陰莖治療較麻煩；

2、隱匿性陰莖：陰莖陷於體內，可進行陰莖延長加皮瓣轉移手術使陰莖顯露；

3、肥胖原因導致：恥骨間脂肪較厚，建議控制體重。脂肪減少後陰莖即可顯露，同時需解決包莖狀態，應定期清洗包皮，同時進行密切隨訪。