隱睪症具有遺傳性。臨床上很多兒童因為隱睪住院進行手術，追問病史發現患兒的爸爸、爺爺均有隱睪。隱睪症遺傳變異的原因目前尚不明確，一般認為是多基因、多因素作用的結果。

如果爸爸有隱睪，兒子有2%-3%的可能性會出現隱睪，如果哥哥有隱睪，弟弟有7.5%的可能性會出現隱睪，雙胞胎則概率在10%以上。尤其同卵雙生，概率可以達到27%-30%。