左側和右側隱睪治療方法相同，但與雙側隱睪可能會存在區別。因為一般隱睪可能伴有下丘腦-垂體-性腺軸異常，如果是激素異常導致的隱睪，多半是雙側，此時可以採取HCG治療。HCG治療主要是用於雙側隱睪或手術難度較大者，應用HCG後可以增加睪丸血供，方便進行手術。大部分建議手術治療，出生以後6個月睪丸還沒有下降，則建議儘早手術，一般藥物、激素治療效果較差。

如果青春期還是隱睪，可能已經惡變，需要注意觀察睪丸的形態。如果發現睪丸發育較差或不能夠進入到陰囊，必要時可以進行睪丸切除。隱睪的治療分為開放性手術和腹腔鏡手術，初級隱睪可以進行開放性手術，位置較高的隱睪建議進行腹腔鏡手術，下降的可能性較大。此外，還有較少見的手術方式如自體睪丸移植，但不屬於廣泛採用的方式，不作常規推薦。