任何手術均存在風險，隱睪手術風險多為睪丸下拉情況及對血管、輸精管影響、傷口感染問題。如睪丸發育較差、位置較高，血管發育較短可能需進行分次手術治療。手術時影響睪丸血管、血供，可能引起睪丸血供變差，導致睪丸萎縮。如存在出血、血腫、感染也可能造成手術失敗，但一般風險較低，多處於可控範圍內。

如患兒存在隱睪，不應因顧慮手術風險而錯過隱睪最佳治療時間。隱睪最佳治療時間為6-12個月，最遲不應超過18個月。