隱睪手術風險主要來源於麻醉風險與手術風險，兒童隱睪麻醉較為安全。通常採取基礎麻醉配合骶管麻醉，安全性較高，風險較少，手術風險主要來源於疾病程度。部分兒童睪丸位置天生高，精索短，即會導致一次成功可能性下降。

普通隱睪做完後，通常無需抗感染治療，故感染風險較少，手術出血風險較低。低位隱睪，甚至無需進行腹股溝切口，風險更少，感染機會也少，切口美觀程度好。故隱睪手術整體風險低。