男孩隱睪絕大部分為先天性，隱睪也是較常見男孩的先天畸形，發生率較高。在足月新生兒中發生概率為1%-4%；而早產兒隱睪發生概率更高，可高達45%。隱睪隨著年齡增大，1歲前可能下降至正常陰囊位置，到1歲左右發生率在1%左右。有少數隱睪由後天造成，可能屬於醫源性隱睪，如患兒之前做腹股溝斜疝手術或鞘膜積液手術。手術後因瘢痕原因，也可能使得睪丸向上縮，上縮後睪丸不再位於陰囊內，即稱之為醫源性隱睪。

此外，後天睪丸自然上縮，出生時或者兒童成長過程中，最初幾年家長會發現患兒睪丸在陰囊內可以觸及。隨著年齡增長，患兒可能體型較胖，而在大齡兒童中，突然發現睪丸已經無法在陰囊內觸及，即後天睪丸上縮。