任何手術都有風險，擇期手術風險一般可控，而且風險幾率在1%以下，甚至更低。兒童隱睪手術不僅關係到手術操作安全性，還關係到麻醉、術後護理風險。相對於成人手術，小兒麻醉風險比較大，而且比手術操作、術後護理風險都要高。

現在醫療技術進步、監護條件提高，風險已經得到很好控制，特別是在綜合性醫院進行手術，基本上安全。但仍有可能會在術中損傷周圍臟器或者造成術後睪丸缺血、壞死等風險，也有可能會造成睪丸需要分期手術降入陰囊。小兒隱睪症創傷相對比較小，後期恢復也比較快，總體手術風險不大。