目前臨床上幽門螺桿菌根除方案已從三聯方案改進為四聯方案。四聯方案中鉍劑包括枸櫞酸鉍鉀、膠體果膠鉍等；質子泵抑制劑包括奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑或蘭索拉唑等拉唑類藥物；此外還需結合兩種抗生素，目前常用的抗生素包括阿莫西林、四環素、呋喃唑酮等。

部分患者第一次治療失敗，通常需經3-6個月後更換方案，進行再次治療，可徹底根除幽門螺桿菌。