冠狀動脈異常起源於肺動脈的治療，首先應觀察患者的症狀及治療指徵。如果冠狀動脈起源於肺動脈，導致肺動脈內含氧血液不足，肺部血管含氧量不足，通常情況下，需進行外科手術，將起源於肺動脈的冠狀動脈摘除，重新移植到主動脈根部，使之前異常起源冠狀動脈所支配的心肌能夠獲得充足的氧氣，手術方法包括冠脈移植、冠脈搭橋等。若冠狀動脈內血氧不足，將導致猝死。因此，冠狀動脈起源異常需及時治療。