完全性大動脈轉位屬於一類比較複雜的先天性心臟病，無論是手術風險和手術花費都很巨大，屬於先天性心臟病的一種。而目前對於先天性心臟病而言，沒有明確的發病原因。先天性心臟病的發生是由於胎兒時期心臟的發育過程中受到某些因素的干擾，從而導致心臟的發育異常，導致一大類疾病，也包括大動脈轉位。目前發現的危險因素包括吸菸，包括二手菸，以及妊娠期血糖增高和病毒感染，接觸有毒的化學制劑等都是危險因素。而保護因素包括蔬菜攝入，維生素攝入，尤其是葉酸攝入和各種水果的攝入，都有利於預防先天性心臟病的發生。