心臟射頻消融術為一種相對安全的微創心臟介入手術，其併發症主要包括以下幾種：

1、心包積液、心包填塞：通常由心臟穿孔所導致，發生幾率較低；

2、外周血管併發症：主要是股動靜脈瘻及假性動脈瘤，若瘻口較小可不進行特殊處理，患者通常可自行恢復。假性動脈瘤經局部加壓包紮、適當制動，大部分患者可閉合，血腫可自行吸收，少部分患者需行外科修補；

3、栓塞：主要為外周動脈栓塞，較常見於腦栓塞、肺栓塞，整體而言栓塞發生幾率較低。

室上速射頻消融術，尤其間隔旁道消融術易引起房室傳導阻滯，消融術後部分患者可發作迷走神經反射、血壓低、心率慢，但常為一過性表現，經積極治療通常可恢復。