手術治療是有創操作，多數具有風險，對於心臟瓣膜的手術風險，需根據患者術前情況分析。如果患者出現瓣膜疾病，但術前沒有心功能不全、未合併嚴重併發症，則瓣膜手術風險較低，死亡率＜1%。如果患者術前已出現心臟增大、腦梗、栓塞等疾病，此時進行手術風險則會增加。

並且心臟瓣膜手術的風險，與手術中處理瓣膜數量有關，如單純二尖瓣或單純主動脈瓣成形或置換，需要處理2-3個瓣膜，通常需要處理瓣膜越多，手術風險越大。臨床常出現感染性心內膜炎患者，由於細菌作用，導致侵犯主動脈瓣、瓣膜瓣環，甚至有鈣化瓣膜組織侵犯到心肌。因此，手術中需要仔細清除鈣化組織，但會導致瓣環質量變差、薄弱。所以手術時需要用心包片或人工組織重建主動脈瓣環，但會增加手術風險。