先天性心臟病不是遺傳病，上一代沒有，但這一代有，將來這一代孩子結婚生子後一般也不會有，這種情況完全不用擔心，它不是遺傳性疾病。孕期因為受到外界因素的干擾，譬如感染，不管是細菌感染、病毒感染，或者藥物，比如不知道懷孕可能吃某些藥物，或者環境汙染，室內小環境、室外大環境等外在因素的干擾，而導致這種情況。
此外，還有母體營養不良，或者父母雙方可能身體較虛弱、體質差也會導致這種情況。但部分也可能會有遺傳因素。